Contexte

Depuis l'aube de l'humanité, deux sociètés secrêtes s'affrontent dans l'ombre, Templiers et Assassins. Depuis maintenant quelques années, Abstergo Industries, société écran des templiers, a créé une machine appellée Animus, permettant de revivre la vie de ses ancètres en réalité virtuelle. Leur but, mettre la main sur les mystérieux fragments d'Eden pour réduire la population sous leur volonté. Les assassins, ayant également récupérer les plans de l'Animus, essaye de leur côté de les en empécher. Mais, depuis peu, la découverte d'une civilisation bien plus ancienne que l'humanité elle-même, les précurseurs, semble remettre tout en cause.

Après la grande purge de 2000 durant laquelle les templiers ont tenté de tuer la majeure partie des assassins, ces derniers sont obligé de rester cacher aux yeux du monde et de se coordonné en petites équipe. William Miles, le nouveau mentor des assassins, s'est réfugié sur le bateau Altair II, se cachant dans l'océan Indien. De son côté, Abstergo Industries vient de lancer le programme Helix, permettant à chaque foyer de posséder un Animus et de revivre l'histoire sous forme de jeu, espérant ainsi trouver des ancêtres intéressants à exploiter dans la population. Un petit groupe de Hacker, baptisé les Initiés, finit par découvrir la vérité derrière ce programme et infiltre tant Abstergo que les Assassins. Ces derniers découvriront les agents à bord de l'Altair II et leur proposeront une aliance entre les deux groupes.

Richard Coeur de Lion vient de reprendre la cité d'Acre aux Sarasins avant de se mettre en marche vers Jerusalem pour la prendre des mains de Saladin. Les villes de Acre, Jerusalem et Masyaf sont alors laissées aux mains de templiers dirigeant les quartiers comme bon leur semble. Les assassins de leur côté, retrancher dans la cité de Masyaf, tentent de renverser le reigne des templiers tout en recherchant le mystérieux artéfact de la terre sainte.

La guerre entre Templiers et Assassins continue dans l'ombre. Alors que l'ordre de la croix, officiellement dissous, cherche à prendre le contrôle de Venice et de Florence, leur grand maître, Rodriguo Borgia, convoite la place de pape afin de découvrir un lieu nommé le sanctuaire. L'ordre des assassins, alors traqué et tué pour trahison, se regroupe dans la ville de Monterrigionni, dirigée par les Auditore. Machiavel, alors mentor des assassins, demande l'aide du peuple, les courtisanes, voleurs et mercenaires, pour renverser la supprématie des Templiers.

L'observatoire, un lieu que seul le sage pourra trouver. Dans les mers des Caraïbes, Templiers et assassins sont à la recherche de cet homme mystérieux qui se souvient d'une autre vie. Si les templiers peuvent user de grand moyen et du soutien de la couronne espagnole, les assassins, eux, ont du se retrancher à Tulum. Afin de pouvoir rivaliser avec leurs ennemis éternels, ils n'auront pas d'autres choix que de s'allier avec certains pirates, aux méthodes peu orthodoxe mais diablement efficace.

Le nouveau monde n'a pas tardé à accueillir les templiers comme les assassins. Cependant, durant la guerre de sept ans, une grande purge a eu lieu durant laquelle la totalité des assassins furent tués, à l'exeption d'Achilles Davenport. Des années plus tard, l'arrivée d'un jeune natif américain pousse le vieil homme a fondé un nouvel ordre pour contrer l'avancée des templiers. De leur côté, sous les ordres d'Haytam Kenway, les chevaliers du temple espère utiliser la révolution pour asseoir leur pouvoir sur le nouveau monde.

Après l'échec de la révolution américaine, les templiers tirent les ficelles dans l'ombre pour en déclencher une nouvelle sur le vieux continent. Les assassins, terré dans les égouts de la ville, tente de démanteler l'ordre de la croix mais ignore qui se cachent derrière ce complot. Les rumeurs laissent seulement présager qu'un fragment d'Eden est entre les mains du mentor des templiers.

Londres, tombée entre les mains des templiers. Les Blighters, bras armés des chevaliers du temple, terrorrisent la ville et ses habitants. Pour les contrer, les assassins décident de jouer sur le même terrain qu'eux et créent les Rooks. Une autre branche des assassins cherche, de son côté, à mettre la main sur l'un des fragments d'Eden.